พิพิธภัณฑ์พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว เดิมอยู่ในกำกับดูแลของสำนักงานเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร ซึ่งตั้งอยู่บริเวณพระบรมราชานุสาวรีย์พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว ด้านหน้าอาคารรัฐสภา จัดเป็นพิพิธภัณฑ์พระมหากษัตริย์ โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระนางเจ้ารำไพพรรณี พระบรมราชินีในรัชกาลที่ 7 พระราชทานสิ่งของส่วนพระองค์ของพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวนำมาจัดแสดง และเปิดให้ประชาชนเข้าชมในปี พ.ศ. 2523 ต่อมาเมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2544 สถาบันพระปกเกล้าได้รับโอนอำนาจการดำเนินงานพิพิธภัณฑ์ฯ มาอยู่ในความดูแลรับผิดชอบของสถาบันพระปกเกล้า และได้รับความอนุเคราะห์จากกรมโยธาธิการให้ใช้อาคารอนุรักษ์ 3 ชั้น จัดตั้งพิพิธภัณฑ์พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวขึ้น และได้ดำเนินการปรับปรุงตกแต่งอาคารแล้วเสร็จในปลายเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2545 โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 9 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จแทนพระองค์ทรงเปิดพิพิธภัณฑ์พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 7 ธันวาคม พ.ศ. 2545